Xã Thượng Yên Công nằm ở phía Bắc thành phố Uông Bí cách trung tâm thành phố khoảng 8km vị trí cụ thể như sau:

- Phía bắc giáo Tỉnh Bắc Giang

- Phía nam giáp phường Thanh Sơn và xã Phương Đông

- Phía đông giáo phường Vành Danh

- Phía tây giáp huyện Đông Triều

Xã Thượng Yên Công có địa hình đặc trưng của vùng đồi núi với địa hình dộc nghiêng từ Bắc xuống Nam, nằm trong dải cánh cung Đông Triều – Móng Cái, chạy dài theo hướng Tây – Đông. Phía Bắc cao nhất là núi Yên Tử với độ cao 1068, phía nam núi rừng Nam cao 550m. khu vực ở và các đơn vị hành chính nằm dọc chính giũa xã chạy từ Tây sang Đông ( Phía Tây giáp huyện Đông Triều, phía Đông giáo phường Vành Danh) có độ cao trung bình 40m – 70m).

Xã Thượng Yên Công là một xã miền núi của thành phố Uông Bí, tỉnh Quảng Ninh, diện tích tự nhiên là 6739,88ha, trong đó đất nông nghiệp là 5431,88ha, đất phi nông nghiệp là 415,0ha. Xã chia thành 8 thôn, 18 xóm; Hiện nay dân số xã là 1414 hộ với 6143 nhân khẩu. Phía bắc giáp với huyện Sơn Động, tỉnh Bắc Giang, phía đông giáp phường Vàng Danh, phía Nam giáp với phường Quang Trung, Thanh Sơn, Phương Đông thành phố Uông Bí, phía Tây giáp với xã Tràng Lương thị xã Đông Triều. Là một xã miền núi có rừng Quốc Gia và di tích đặc biện chùa Yên Tử. 

Xã Thượng Yên Công có 08 thôn: Thôn Khe Sú I; Thôn Khe Sú II; Thôn Năm Mẫu I; Thôn Năm Mẫu II; Thôn Miếu Bòng; Thôn Tập Đoàn; Thôn Đồng Chanh; Thôn Quan Điền - Khe Thần.