Xã Phù Lãng là một xã ven sông Cầu, nằm về cực Đông Bắc của huyện Quế Võ cũng như tỉnh Bắc Ninh, cách thành phố Bắc Ninh khoảng 10km và cách sông Lục đầu khoảng 4km.

- Phía Bắc và phía Đông giáp với huyện Yên Dũng tỉnh Bắc Giang, với ranh giới tự nhiên là dòng sông Cầu;

- Phía Nam giáp xã Châu Phong;

- Phía Tây giáp xã Ngọc Xá và Phù Lương.

Trung tâm hành chính xã nằm cách trung tâm huyện khoảng 15km về phía Tây Tây Nam, cách Quốc lộ 18 theo hướng đi qua xã Châu Phong khoảng 3,5km và đi theo hướng đường quốc phòng khoảng 7km. Xã Phù Lãng có hệ tuyến đê hữu cầu bao bọc với tổng dài 9,7km từ K0+1 đến K9+700 thuộc tuyến đê ba xã. Tuyến đường thủy sông Cầu rất thuận tiện kết nối với hệ thống giao thông đường thủy trên toàn vùng Đồng Bằng sông Hồng.